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南京理工大学自动化学院是南京理工大学的二级学院。
学院是在原中国人民解放军哈尔滨军事工程学院（哈军工）炮兵工程系指挥仪专业和火炮系随动系统专业基础上，经过了不断改造和调整，于1984年正式成立了华东工学院自动控制系，1996年改名为南京理工大学自动化系，2006年更名为南京理工大学自动化学院。
据2020年2月学院官网显示，学院设有4个系，有4个本科专业；拥有1个博士后科研流动站、1个一级学科博士点、5个二级学科博士点、1个一级学科硕士点、2个二级学科硕士点、2个专业硕士学位授权领域；有教职员工156人，其中教师岗正高职称35人、副高职称61人、中级职称39人，博导26人、硕导69人。
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