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中国科学院国家空间科学中心成立于2011年6月，当时依托于中国科学院院设的非法人研究单元中国科学院空间科学与应用研究中心，与中国科学院空间科学与应用研究中心“一个机构两块牌子”。2015年6月，中央编办批复同意中国科学院空间科学与应用研究中心更名为中国科学院国家空间科学中心。
中国科学院国家空间科学中心是中国空间科学及其卫星工程项目的总体性研究机构，面向全中国的空间科学创新平台，负责组织开展国家空间科学发展规划研究，具体负责中国科学院空间科学先导专项的组织与实施，开展空间科学及相关应用领域的创新性科学与技术研究工作，为空间科学先导专项及未来发展提供科学与技术支撑，引领空间科学发展，带动空间技术创新。
据2020年4月中心官网显示，中心建有国家重点实验室1个、中科院重点实验室3个北京市重点实验室1个、野外台站4个；有中国科学院院士2人，中国工程院院士1人；有学术型博士研究生培养点4个、学术型硕士研究所培养点5个、专业型硕士研究生培养点1个。截至2019年底在读研究生433人（其中硕士生231人，博士生202人）。
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