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中国科学院南京土壤研究所（Institute of Soil Science，Chinese Academy of Sciences）位于江苏省南京市玄武区北京东路71号，前身可追溯至1930年7月成立的中央地质调查所土壤研究室；1953年1月，中国科学院南京土壤研究所正式成立；2001年3月，成为中国科学院知识创新工程试点行列的研究所之一。
中国科学院南京土壤研究所的重点研究领域为土壤资源与管理、土壤肥力与调控、土壤环境与健康、土壤生物与安全，拥有联合国粮农组织的特约图书馆和亚洲最大的土壤标本馆；土壤与环境分析测试中心是国家质量技术监督局认定的国家计量认证合格单位。作为全球数字土壤制图计划亚洲中心、国际氮素行动计划东亚中心、全球土壤伙伴计划亚洲中心、全球土壤修复网络亚洲中心，代表中国在国际土壤学组织以及重大科研行动计划中持续发挥了主导作用。
截至2018年底，南京土壤研究所共有在职职工306人。其中科技人员223人、科技支撑人员58人，包括中国科学院院士2人，中国工程院院士1人，研究员及正高级工程技术人员64人、副研究员及高级工程技术人员92人。国家杰出青年科学基金获得者10人。
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